Sebagaimana respon dunia terhadap modernisasi pertanian yang
dilakukan secara besar-besaran di berbagai belahan dunia pada tahun 1970-an,
pertanian organik di Indonesia juga merupakan respon terhadap kebijakan
revolusi hijau pada periode yang sama. Gagasan pertama tentang pertanian
organis (bukan organik, karena organik lebih teknis) di Indonesia diprakarsai
oleh Agatho Elsener, seorang praktisi organis berkebangsaan Swiss yang
kemudian menjadi Warga Negara Indonesia pada tahun 1980-an, yang
mendedikasikan hampir seluruh hidupnya (sikap organis) untuk menjalankan
sistem pertanian organis. Gagasan tersebut kemudian
diikuti dengan munculnya gerakan pertanian organik di Yogyakarta dan
sekitarnya yang dikembangkan oleh G. Utomo, PR, dan masyarakat sipil lainnya.
Pada saat itu, pertanian organik belum menjadi perhatian pemerintah dan
berkembang sebagai respon “jalan hidup alternatif” di kalangan masyarakat
petani. Tidak mudah mengembangkan pertanian organik sebagai alternatif
karena berkembang bersama kebijakan revolusi hijau yang merombak
pertanian asli ke dalam sistem ekonomi-politik pertanian yang terintegrasi
dengan negara dan pasar, yang mengendalikan secara dominan seluruh
instrumen mulai dari tingkat lokal hingga nasional bahkan mengkaitkannya
dengan sistem pertanian global.